Ne doit pas être confondu avec endémie.
Le pléco zèbre (Hypancistrus zebra), espèce endémique du Rio Xingu.

L'endémisme caractérise la présence naturelle d'un groupe biologique exclusivement dans une région géographique délimitée. Ce concept, utilisé en biogéographie, peut s'appliquer aux espèces comme aux autres taxons et peut concerner toutes sortes d'êtres vivants : animaux, végétaux ou autres.

Une espèce endémique (ou un taxon endémique) l'est obligatoirement par rapport à un territoire nommé : le koala est endémique de l'Australie, le cyprès de Lambert est un arbre endémique de la Californie (même s'il a ensuite été planté dans le monde entier), l'arganier est un arbre endémique du Maroc.

Les espèces endémiques d'une aire géographique forment un sous-ensemble des espèces présentes naturellement sans que l'homme en soit la cause, appelées espèces indigènes. Mais de nombreuses espèces indigènes peuvent ne pas être endémiques si elles existent naturellement dans d'autres régions de la planète.

Le taux d’endémisme est l'un des indicateurs et éléments d'appréciation de la biodiversité ; par exemple, pour l'Europe, quatre espèces endémiques européennes sur cinq vivent dans la seule zone méditerranéenne[1], aire biogéographique où plus de 50 % des 25 000 espèces de phanérogames et de cryptogames vasculaires vivent (chiffre à comparer aux 15 000 espèces de la flore supérieure d'Australie, qui vivent sur une aire trois fois plus vaste). C'est pourquoi la Méditerranée et ses abords sont considérés comme l'un des « hotspots » planétaires pour la biodiversité.

Causes de l'endémisme

L'endémisme peut provenir de deux facteurs :